Vodeni ljiljani imaju raširene korijene i korijenje koji sidre biljku duboko u blatu mirne, svježe površinske vode. Korijenje zauzima hranjive tvari, kao i male rezerve vode. Ne trebaju uzimati velike rezerve vode jer je biljka potopljena; donja strana lišća također može zauzeti vodu.
Vodeni ljiljani imaju korijene u svom širenom korijenovom sustavu.Hardy vode ljiljana
Tvrdi vodeni ljiljaniKad stabljika, lišće i cvjetovi tvrdoglavog vodenog ljiljana pogode mraz i umiru, korijen ostaje sigurno usidren pod vodom, gdje temperatura ne ide ispod smrzavanja. Biljka se ponovo pojavljuje iznova iz korijena svakog proljeća, pod uvjetom da se cijeli vodni bazen ne smrzne.
Tropska vodena ljiljana
Tropski vodeni ljiljaniMrazovi mogu ubiti čitav tropski vodeni ljiljan, uključujući i korijenje. Korijenje mora biti prekriveno barem podnožjem mirne, svježe vode. Neki tropski vodeni ljiljani proizvode gomolje u blizini krune u koje se može ubrati i posaditi nove vodene ljiljane.
Priroda rizoma
Rhomes su zapravo podzemne stabljike, prvenstveno se koriste za skladištenje. Korijenje vodenog ljiljana pohranjuje ugljikohidrate i proteine tijekom razdoblja uspavanja, posebno zimi. U proljeće rizomi oslobađaju aminokiseline i ugljikohidrate kako bi podržali brzi rast izdanka sve dok nema dovoljno lišća da preuzme proizvodnju hrane.
